สัญลักษณ์หรือตราประจำกระทรวงในสมัยนั้น มีวิวัฒนาการน่าสนใจว่า ในสมัยกระทรวงเกษตรพาณิชยการสมัยแรก เสนาบดีถือตราพระพิรุณทรงนาค พระพิรุณเป็นเทวดาเจ้าน้ำ เป็นผู้บันดาลให้ฝนตก นาคก็เกี่ยวกับน้ำ ตราพระพิรุณทรงนาคจึงเกี่ยวกับกสิกรรมทำไร่ไถนาซึ่งเป็นของสำคัญมาแต่โบราณโดยตรง เมื่อตั้งเป็นกระทรวงพาณิชย์ในปี พ.ศ. ๒๔๖๓ มีประกาศให้กระทรวงพาณิชย์ ใช้ตราเป็นรูปตุ้ม เครื่องชั่งทะนาน และไม้วัด ผูกกันเป็นลาย ตรานี้จึงเป็นความหมายเกี่ยวกับการพาณิชย์สอดคล้องต้องกันกับประวัติของกระทรวงและตัวตึกที่ว่าการดังบรรยายมาแต่ต้นในคราวเดียวกันนี้ประกาศให้กระทรวงพาณิชย์ใช้สีมอคราม เป็นสีเครื่องหมายกระทรวง ต่อมาเมื่อรวมกระทรวงพาณิชย์เข้ากับกระทรวงคมนาคม เรียกว่า "กระทรวงพาณิชย์และคมนาคม" ในปี พ.ศ. ๒๔๖๙ มีประกาศให้ใช้ ตรารูปพระวิศุกรรมเป็นตรากระทรวง สีเครื่องหมายกระทรวงเปลี่ยนเป็นสีเลือดหมู ตราพระวิศุกรรมเป็นตราตำแหน่งเสนาบดีกระทรวงโยธาธิการเดิม ซึ่งภายหลัง เปลี่ยนมาเป็นกระทรวงคมนาคม และใช้ตราพระรามทรงรถ

          เมื่อเอางานคมนาคมมารวมเข้ากับงานพาณิชย์และถือว่างานพาณิชย์เป็นงานสำคัญ จึงกลับไปใช้ตราพระวิศุกรรม พระวิศุกรรมเป็นเทวดาชำนาญในการช่างตลอดจนการก่อสร้างที่มาเป็นตรากระทรวงพาณิชย์ก็เนื่องจากเป็นตราเก่าและงานของโยธาก็คลี่คลายมาเกี่ยวข้องกับงานพาณิชย์เป็นลำดับมาในปัจจุบัน ตราประจำกระทรวงคงเป็นตราพระวิศุกรรมแต่สีเครื่องหมายกระทรวงเปลี่ยนไปใช้สีมอครามตามเดิมที่บานประตูเหล็กใหญ่ของตัวกระทรวงมีแผ่นโลหะกรมเป็นตราภาพงูสองตัวพันไม้ไขว้กัน ตอนบนมีปีกสองข้างติดอยู่ทั้งสองบานเป็นคู่กันเข้าใจว่าตรานั้นเป็นไม้เท้ากายสิทธิ์ที่เรียกว่า คาดิวซุส (Caduceus) ซึ่งเป็นไม้ถือของเทวดากรีกมีนามว่า เฮอร์เมส (Hermes) และชาวโรมันเรียกว่าเมอร์คิวรี (Mercurius) ตามประวัติข้างกรีกมีว่า เฮอเมสเป็นโอรสของซูสมหาเทพเป็นช่างเทวดาเฉลียวฉลาดในเชิงประดิษฐ์ต่าง ๆ เช่น ประดิษฐ์พิณ ประดิษฐ์ตัวอักษร ตัวเลข และที่สำคัญก็คือ ประดิษฐ์เครื่องชั่ง ตวง วัด เฮอร์เมสเป็นที่เคารพบูชาของพ่อค้าวาณิชทั่วไป